27分文章揭示lncRNA直接结合mRNA
栏目:最新研究动态 发布时间:2018-06-13
近年来,长链非编码RNA((long noncoding RNA, lncRNA))的研究热度持续升温,高分文章频出.....

近年来,长链非编码 RNA (long noncoding RNA, lncRNA) )的研究热度持续升温,高分文章频出。目前, lncRNA 的研究机制比较常见的是通过 ceRNA 机制或结合蛋白调控 mRNA ,而 LncRNA 直接结合 mRNA 的研究报道相对较少。下面要讲的文献( Analysis of the androgen receptor–regulatedlncRNA landscape identifies a role for ARLNC1in prostate cancer progression ),研究内容只来回围绕一个 mRNA 和一个 LncRNA 之间的相互调控就发 27 分杂志。

首先看下机制图:

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是否惊讶 27 分的文献机制竟如此简单?一般的高分文章都会很复杂且涉及 n 多个分子!这篇文章揭示 AR 蛋白作用于 LncRNA ARLNC1 的启动子区,促进 ARLNC1 的转录,而 ARLNC1 又于 AR mRNA 直接结合促进稳定和翻译,从而形成一个正反馈回路。

研究路线:

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1. 筛选前列腺癌中受 AR 调控的基因

雄激素受体( AR )在前列腺癌中起重要作用,因此作者研究 AR 调控的基因。通过 RNA seq 检测 DHT 处理和未处理的前列腺癌细胞( n=3 , 筛选受 AR 调控的的 mRNA lncRNA (A). 并通过 TCGA 数据库筛选与前列腺癌相关的 mRNA lncRNA B , 最后发现 几个被 AR 正调控且在 前列腺癌中上调 mRNA lncRNA (C)

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2. ARLNC1 为前列腺谱系特异性 lncRNA ,且在癌症中高表达

通过整合转录组学分析发现 ARLNC1 差异受 AR 调控最明显,且在前列腺癌中特异表达,因此选为目标基因,进行下一步研究。

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3. ARLNC1 调控 AR 信号通路

确定目标后就是研究 ARLNC1 的下游通路,通过 siRNA 干扰 ARLNC1 进行表达普芯片检测,功能富集后发现下游基因与 AR 相关,这就可能 ARLNC1 又反馈调控 AR

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4. ARLNC1 AR 转录本共定位

接下来作者直接研究 ARLNC1 是否直接结合 AR mRNA 。首先预测两个 RNA 之间是否又结合位点,通过荧光素酶报告基因实验验证两者结合,通过 FISH 在细胞核组织中验证两个 RNA 转录本共定位。

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1. ARLNC1 作为 AR 阳性前列腺癌模的治疗靶点

最后就是将通路回到体内验证