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circRNA高通量测序实验

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简介: circRNA不受RNA外切酶的影响,比线性RNA表达更稳定。
提供商: 上海英拜
服务名称: circRNA高通量测序实验
circRNA高通量测序实验
circRNA 是通过特殊的选择性剪切产生封闭环状结构的非编码RNA。 circRNA不受RNA外切酶的影响,比线性RNA表达更稳定。研究表明,某些特殊的 circRNA 分子富含 miRNA结合位点,在细胞中起到miRNA sponges的作用,进而解除 miRNA 对其靶基因的抑制作用。ciRS-7(CDR1a)包含 63 个保守的 miR-7结合位点,该 circRNA 在细胞中能够有效吸附miR-7。而miR-7 作为关键调节因子广泛参与癌症途径,如抑制在乳腺癌、胶质瘤等癌症中表达显著上调的Pak1的表达;miR-7 也能通过结合α-synuclein抑制其表达。这些研究暗示ciRS-7 通过ceRNA 机制调节miR-7的功能,是神经系统疾病和癌症治疗的潜在靶点。

图1 cirRNA 转录过程 图2 ciRs-7 作用机制
目前对circular RNA的研究还不多,特别是对这类RNA的生物学功能研究还有待挖掘。 通过高通量测序技术寻找反向剪接的reads,即back-splicing reads,可以检测样本中circRNA表达及其发现样本中新的circRNA。

图3 cirRNA 测序实验流程
数据分析:
1 、基础分析
测序数据评估及预处理
基因组比对
circRNA预测
circRNA注释
circRNA表达定量
circRNA差异表达分析
2 、高级分析
circRNA关联基因的GO富集分析
circRNA关联基因的KEGG富集分析
circRNA-miRNA靶向预测
circRNA-miRNA-mRNA ceRNA分析

资料下载: 环状RNA(circRNA)测序.pdf 附件下载

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