SNP检测

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服务名称: SNP检测服务
简介: snp位点检测
提供商: 上海英拜
地区: 上海
SNP 分析检测
一、 SNP 定义
基因分型,也就是单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)检测,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。与其它分子标记相比,SNP分辨率最高也最为丰富,覆盖基因组范围大,遗传上比较稳定,在人类基因组中,估计平均每1000个碱基对就有1个SNP,估计其总数可达300万个甚至更多,是继微卫星之后的第三代遗传标记。SNP的分布不均匀,非转录序列中要多于转录序列,绝大多数位于蛋白的非编码区。通常情况下是一种二等位基因的变异,多为转换,即一种嘧啶碱基换为另一种嘧啶碱基,或一种嘌呤碱基换为另一种嘌呤碱基,转换与颠换之比为2:1。SNP在CG序列上出现最为频繁,而且多是C→T,因为CG中C即胞嘧啶常为甲基化的,自发脱氨后即变为胸腺嘧啶。
二、 SNP 主要应用领域
遗传图谱绘制的标记,疾病诊断和疾病易感基因的鉴别,药物基因组学研究和新药筛选,药物代谢和药物遗传学,法医鉴定和个体识别,群体遗传学研究和遗传多态性分析,物种鉴定、菌种鉴定等。
三、 SNP 检测方法
1 、测序法: 所有SNP的检测方法中,对待检测片段进行直接扩增、测序是最为准确的方法,也是SNP分析的金标准。纯合型SNP位点的测序峰为单一峰型,而杂合型SNP位点的测序峰为套峰(如下图),因而很容易将其区分开来。通过直接测序方法进行SNP检测的检出率接近100%。该技术主要通过直接测序的方法来确定位点的基因型,这种分型方法准确性最高,但费用大。如果需要检测的几个SNP位点正好位于一个测序单元内(长度小于700bp),则单个位点的分型费用可显著降低,这种分型技术不失为一种良好选择。对于准确性要求特别高或样本量特别小(几个或几十个)的项目,这种分型技术很适合。

2 PCR-RFLP SNP分型最经典的研究方法,具有最大优势在于,不需要有特殊的仪器,检测操作简单,费用低廉,也适合中量样本的检测。缺点是需要大量人力,耗时相对较长,不适合高通量大样本检测。


3 TaqMan 探针: 该技术是由美国应用生物系统公司(ABI)研发的SNP分型技术,其技术原理如下:PCR反应时,加入一对两端有不同荧光标记的MGB特异探针来识别不同的等位基因(allele1和allele2),5’端为报告荧光基团(reporter),3’端为淬灭荧光基团 (quencher)。PCR过程中,两个探针能与正向引物和反向引物之间的互补序列特异退火结合。当探针以完整形式存在时,由于能量共振转移,荧光基团只发出微弱荧光。特异的探针与相应的等位基因结合后,DNA聚合酶发挥5’到3’外切酶活性,把报告荧光基团切割下来,脱离3’端淬灭荧光基团的淬灭作用 (quench),从而发出荧光。两个探针的5’端标有不同的荧光 (FAM或VIC),3’端标有MGB 淬灭基团结合体。根据检测到的不同荧光,可以判断相应的样本的SNP等位基因型。

◇TaqMan® MGB探针特点
(1)探针较短(~13bp)
(2)较短探针提高鉴定的准确性
(3)小沟结合物增加了较短探针的熔点温度(Tm)
(4)TaqMan® MGB探针对富含A/T 的序列有良好的鉴定能力
(5)该技术操作简单快速,软件分析结果界清晰,标出了每个样本的基因型及荧光强度,非常直观,特别适合少量位点大量样本(上千个)的分型项目。下图为软件分析案例。

4 MultiplexSNaPshot 分型技术: 该技术也是由ABI开发,主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记的ddNTP、紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经测序仪电泳后,根据峰的颜色可知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型,根据峰移动的胶位置确定与该延伸产物对应的SNP位点。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。利用SNaPshot检测技术结合高通量样品处理平台,每天的检测通量能够满足中大规模基因分型项目的需要。整个技术的示意图:

多个SNP位点的分型图:



单个SNP位点分型图:



方法特点:
(1)分型准确  该技术也称小测序技术,直接得到位点的碱基组成,检测结果直观其准确度,仅亚于直接测序。
(2)多位点同时检测  采用多重单碱基检测技术,每次反应可以检测多达10个SNP位点,而RFLP及TaqMan一次仅能检测一个。
(3)不受SNP位点多态特性限制  不管该位点是杂合,还是插入或缺失多态,都可以放在一个体系中检测。
(4)可以检测出受污染的样本  如果一个样本的分型峰谱偏离正常的分布,它可以提示样本可能受到污染或浓度过低,而其它分型方法则不能做到那样。

资料下载: SNP检测.doc 附件下载 SNP检测(基因分型)服务.pdf 附件下载

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