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miRNA芯片数据发掘分析

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miRNA芯片数据发掘分析


  • 芯片聚类分析


二、microRNA靶基因预测
“TargetScanS”,“miRanda (miRBase)”,“miRGen”等数据库预测差异microRNA的所有靶基因。

  • 靶基因GO分析

根据Gene Ontology数据库对靶基因进行功能显著分析,从而筛选显著性功能的靶基因。







  • 靶基因pathway分析

根据KEGG数据库对靶基因进行Pathway分类,并进行显著性分析从而得到显著性的Pathway分类。


  • 构建MicroRNA与基因的调控网络

通过构建MicroRNA与基因的调控网络,可以从中找出hub基因及hub microRNA.

  • microRNA 、靶基因、转录因子调控网络

microRNA也会受到转录因子调控造成表达差异,通过系统研究转录因子与基因间的调控关系,可以为寻找重要转录因子及重要基因提供线索。


  • microRNA启动子分析及甲基化位点分析

当microRNA研究日趋火热,越来越多的研究者开始关注microRNA本身甲基化变化。MicroRNA基因的甲基化变化也是造成microRNA表达差异的重要原因。


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