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microRNA-mRNA芯片整合分析

microRNA-mRNA芯片整合分析
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1.分析流程图

2. 分析方法概要

①利用统计检验筛选差异表达microRNA

②利用GSEA统计检验筛选差异功能集(gene set),利用STRINGS蛋白质功能相关网络针对每个差异功能集内建立基因之间的相互关系,从而建立差异功能模块(module)
GSEA的工作原理如图:


③利用MicroCosm软件预测microRNA的靶标基因
④利用microRNA-Gene之间靶标关系和表达量的显著负相关关系构建Module特异的microRNA调控网络和microRNA与基因的调控网络

3.分析结果

①筛选差异基因功能集的结果如下:

基因功能集名称 基因个数 FDR 显著性
KEGG_AMINOACYL_TRNA_BIOSYNTHESIS 10 <=0.001
KEGG_PROSTATE_CANCER 9 <=0.001
KEGG_ASTHMA 5 <=0.001
CELL_ACTIVATION 6 <=0.001

②microRNA靶标预测结果

microRNA 基因简称
miR-665 Gon4l
miR-665 Lsg1
miR-665 Mast2
miR-665 Shisa4
miR-665 Tmed3

③Module特异的microRNA调控网络样式如下,其中包括miRNA与Module内基因的调控关系。




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